Kasutades esimest hooaega alusena, sukeldub 'Hanna' teine hooaeg veelgi Utraxi tumedatesse saladustesse. Lisaks paljastab see ka, mida pahaendeline organisatsioon teeb, et manipuleerida kõigi oma teismeliste vangidega ja muuta need surmavateks relvadeks. 2. hooaeg on täis mitmeid paljastusi ja veidi ettekujutust järgmise potentsiaalse peatüki jaoks. Nii et see on ütlematagi selge – jaotame allpool kõik süžeepunktid ja sarja lõpu. (Spoilerid ees)
Pärast Utraxi rajatisest põgenemist saadab Clara Hanat. Kuni nad metsas ellu jäävad, püüavad Utraxi ametnikud neile jälile saada. Vahepeal, nagu 1. hooajal selgus, kolitakse ülejäänud tüdrukud täiesti uude hoonesse nimega The Meadows. Clara langeb hiljem ühte Utraxi lõksu ja satub uuesti koos ülejäänud tüdrukutega. Vahepeal võtab Marissa Hanna oma tiiva alla ja püüdes oma varasemaid rikkumisi heastada, takistab ta tal Clarat päästmast. Sellegipoolest suudab Hanna veenda Marissat aitama tal Clarat päästa. Selle tulemusel jõuavad nad The Meadowsi päästemissiooni ellu viima.
Miski ei lähe aga plaanipäraselt. Utrax jäädvustab Marissa, samal ajal kui Hanna saab osa Utraxi võltsitud suhtlusvõrgustikust The Meadowsis. Kuigi ta alguses osutab vastupanu, võtab ta lõpuks koos Clara ja teistega The Meadowsi oma uueks koduks. Varsti ühendatakse Hanna ja Jules oma esimesele päriselus toimuvale mõrvamissioonile. Hanna peab nüüd tegema valiku – kas ta kõnnib Eriku rajast kaugemale või plaanib salaja Utraxi vastu vandenõu?
The Meadowsis vabastatakse ootamatult kõik Utraxi operatsiooni all olevad tüdrukud. Erinevalt nende varasemast raviasutusest pakub uus asukoht neile värvikaid ühiselamutubasid, väljamõeldud perekondi, juurdepääsu sotsiaalmeediale ja võimaluse suhelda teistega. Kuid tüdrukute teadmata on see kõik lihtsalt simuleeritud suhtluskeskkond, mis aitab neil reaalses maailmas alalhoidmise kohta rohkem teada saada. Nagu eelmisel hooajal ette nägi, oli Utraxil alati kavatsus need tüdrukud pärismaailma saata. Seega võimaldab see sihikindlalt käituda nagu tavalised teismelised, kuna see omakorda aitab neil reaalses maailmas tavalisteks inimesteks maskeerida.
Enamiku tüdrukute jaoks saavutab Utrax nende üle kontrolli, asendades nende varasemad ideed perekonna, religiooni ja sõprade kohta. Kuid Hanna ja Clara jaoks on organisatsioonil raskusi kontrolli kehtestamisega, kuna nad on juba teadlikud, et on kaotanud oma perekonna. Nii et nende jaoks püüab organisatsioon täita lünga, mis ihkab perekonda selle asemel, et seda asendada. Ja isegi pärast teadmist, et ta isa on surnud, leiab Hanna The Meadowsis lohutust.
Hanna ja Jules saavad oma esimese päriselu missiooni, kus nad ootavad, et Hanna kasutab oma kogemusi välismaailmas. Mis puutub Julesi, siis Leo käsib tal salaja Hannal silma peal hoida. Nende missiooni kohaselt peavad nad välja selgitama Tacituse-nimelise vilepuhuja tegeliku isiku ja välja selgitama koha, kus ta kavatseb kohtuda Londonis asuva ajakirjaniku Nicola Goughiga. Avalduses mainitakse ka, et Nicolale pääsevad nad ligi ainult tema abikaasa Bethany Jamesi kaudu, kes on Londoni South Banki ülikooli professor.
Pärast Bethany läbimist puutub Hanna lõpuks kokku Nicolaga. Ta pildistab Nicola märkmiku katkendeid ja saadab need The Meadowsi. Pärast nende dekodeerimist järeldab Terri, et Tacitus on Barcelonas asuv sõjaväeadvokaat Robert Gelder. Kuigi sari võtab aega, et paljastada, miks John Carmichael tahab Robert Gelderi (teise nimega Tacitus) kõrvaldada, saab selgeks, et Robertil on Utraxi taga seisvate Johni motiivide saladus. Robert kavatseb need saladused Nicolale avaldada, et too saaks lõpuks tõe kogu maailmale paljastada.
Barcelonas kohtub Hanna ka Marissa heaks töötava mehe Stepheniga. Stephen selgitab, et see, mida praegu tuntakse kui Utrax, koosnes varem väikesest rahvusradikaalide rakurühmast agentuuris nimega The Pioneer Group. Ta ütleb naisele, et on nüüd üks väheseid grupiliikmeid, kes ei läinud valele teele. Ja seega, nagu Hanna, tahab ta peatada Utraxi esimese operatsiooni. Hanna ühineb Stepheni ja nende kahega, et peatada Roberti ja Nicola mõrv. Neile märkamatult hoiab Jules Hannal silma peal ja mõtleb välja nende plaani.
Julesi tõttu ebaõnnestub Stepheni plaan Nicola pealtkuulamisest päästa. Missiooni teise poole katkestamiseks suundub Hanna Barcelonasse, kus Clara ja Sandy üritavad Robert Gelderit vahele jätta. Hanna ulatab Clarale käe ja üritab teda veenda, et Utraxil pole midagi head. Kuid Clara lihtsalt tõrjub ta, öeldes, et nad ei peaks organisatsioonis kahtluse alla seadma ja keskenduma oma rahva teenimisele. Alles siis, kui Hanna veenab teda, et ta ema on ikka veel elus, muutub Clara vaade missioonile.
Roberti tütre Kati kaudu teeb Sandy järelduse hotellitoa asukoha, kus Robert ööbib. Sellega asusid Clara ja Sandy täitma oma viimast missiooni – tappa advokaat, enne kui too Utraxi paljastab. Clara kõhkleb, kuid Sandy varjab oma vigu, tappes Roberti halastamatult. Sellest hoolimata võtab Robert enne surma ühendust Alba-nimelise ajakirjanikuga, kes kogub hotelli ühelt töötajalt dokumendi. See dokument sisaldab Utraxi saladusi.
Pärast seda koos kogu järgneva tegevusega Alba sureb, kuid Hanna saab dokumendi kätte. Sellest dokumendist selgub lõpuks, et Utraxi mõrva sihtmärkide nimekiri koosneb potentsiaalselt mõjukatest juristidest, aktivistidest ja teistest eri valdkondade ekspertidest, kes võivad hiljem maailma muuta. Enamik selles sihtnimekirjas mainitud inimesi on alla 18-aastased ja kõik alla 30-aastased. See on põhjus, miks Utraxi olemasolu oli kogu selle aja saladus. Nad tahtsid ebaeetiliselt kõrvaldada noorema põlvkonna juhid, kuna see võimaldaks neil saavutada kontrolli maailma üle. Ja loomulikult on sellisele missioonile ideaalsed kandidaadid teismelised tüdrukud, keda on terve elu ajupestud.
Kogu selle aja oli Johni süü, et Robert missioonist teada sai. Nagu tagasivaatest selgus, jõi John end kord purju ja rääkis advokaadile kõik Utraxi salajastest motiividest. Kuid selle asemel, et Johni paljastada, võtab Marissa kontrolli enda kätte ja šantažeerib teda, et juhatada nad Pioneer Groupi kõrgemate jõudude juurde, kes andsid talle käsu Utraxi juhtida. Lõpp loob aluse järjekordseks hooajaks, kus Marrissa ja Hanna kõrvaldavad nüüd need, kes kurja Pioneer Groupi juhivad. Clara ilmselt ei ühine nendega, kui ta läheb lõpuks Egiptusesse oma emaga kohtuma.